Озера расположены в верховьях реки Каракол Чемальского района Республики Алтай. Самое нижнее из озер находится на высоте 1820 м над уровнем моря, самое верхнее — на высоте около 2097 м, по другим данным — 1630 и 1840 м соответственно.

Озера рождены ледником, который покрывал когда-то все вершины Алтая. Изменялся климат и изменялся ледник: то спускался ниже, то поднимался к вершинам. На пути ледника образовался вал из обломков горных пород различной величины. На размер морены влияли погодные условия, преобразуя ее в плотины. Всего ледник спускался семь раз с вершины, образовав семь плотин, семь Каракольских озер.

Первое, самое крупное из Каракольских озер, находится на дне впадины. Вода в озере чистая и прозрачная, но лишь в ранние утренние часы кажется таковой. В остальное время вода отражает горы, отчего кажется черной. Ветер с седловины перевала почти всегда рябит воду.

Второе озеро находится в трехстах метрах от первого. Очертания его округлы: 440 метров длиной и 350 метров в ширину, береговая линия составляет 1250 метров, а зеркальная поверхность — 117 тысяч квадратных метров. Вода озера содержит повышенную концентрацию серебра.

Остальные 5 озер образуют цепочку, звенья которой несколько меньше первых двух озер и соединены небольшими разноцветными ручейками 300-800 метров длинной.

Красоту озер выгодно оттеняют густая хвоя тайги вкупе с альпийскими и субальпийскими луговыми просторами, сгруппированные скалы с характерными названиями на подобии «Замка горных духов», таинственные пещеры и миниатюрные водопады. В 1978 году решением сессии Алтайского краевого Совета народных депутатов Каракольским озерам был присвоен статус Памятника Природы Горно-Алтайской автономной области.